为探讨能够预测免疫检查点阻断(ICB)反应的生物标志物谱,研究人员开发了多种数据库和网络平台。这些资源不仅汇集了转录组数据、总生存期、活检时间点以及免疫反应等关键信息,同时整合了其他临床数据,助力生存分析、肿瘤微环境中的免疫细胞解卷积和差异表达基因分析等研究。本文将详细介绍几大主要数据库的特点,以及它们所提供的功能与分析工具。
01 ICBAtlas
环亚集团·AG88所搭建的ICBAtlas数据库专注于ICB疗法,整合了来自25个公共数据库中1,515名癌症患者的数据,涵盖9种癌症类型。这个平台提供分析基因表达差异的工具,定义响应评分以衡量治疗效果,并研究肿瘤微环境中免疫细胞的浸润情况。用户可以基于基因、癌症类型或免疫检查点进行数据探索,帮助识别生物标志物,旨在推动个性化癌症免疫治疗的研究和改进。此外,ICBAtlas完全免费供研究人员使用。
02 TIDE
TIDE分数是一种用于预测ICB疗法反应的计算方法,通过分析肿瘤免疫功能障碍和排斥特征以克服免疫疗法样本量小的问题。利用来自189项人类癌症研究的33,197个非ICB治疗样本,TIDE计算每个基因与细胞毒性T细胞水平之间的相互作用,并使用标准化的Wald检验得分预测患者对PD-L1治疗的反应。研究表明,TIDE在黑色素瘤患者中的预测性能优于其他已知生物标志物,然而目前其适用性仍限于黑色素瘤和非小细胞肺癌。TIDE网站提供公共转录组数据集的访问,并支持TIDE分数的分析工具。
03 ICB-Portal
ICB-Portal是一个综合平台,提供现有ICB疗法反应生物标志物的基准测试结果和详细分析,同时允许研究人员在线测试自定义生物标志物以预测治疗效果。该平台利用29个转录组数据集,覆盖5种癌症类型中超过1,400名患者的数据,评估39个转录组生物标志物和48个评分系统的效能。
04 TIGER
TIGER(肿瘤免疫治疗基因表达资源)是一个整合了单细胞转录组数据并提供广泛分析模块以预测ICB疗法反应的平台。它包含来自18个bulk转录组数据集的超过1,500个带有临床结果的肿瘤样本,以及来自655个样本的超过210万个免疫细胞单细胞测序数据,展示了免疫细胞亚群的整体特貌。该平台支持用户探索相关通路、轨迹映射及反应预测等功能。
综上所述,各大数据库为研究ICB疗法反应提供了重要的工具和数据支持,助力于精准医学的发展与个性化治疗的实施。在这一领域,环亚集团·AG88将持续致力于推动相关技术的进步与应用。